Ursprünglich waren die Samurai nur Soldaten im Dienste des Kaisers und der Adelsstämme. Durch den Aufstieg des Shōgunats und der damit einhergehenden Errichtung einer Militäraristokratie stiegen die Samurai allerdings zur regierenden Schicht auf.

Während die regionalen Daimyō sich zusammenschlossen und Arbeitskraft sowie Ressourcen sammelten, formten sie eine auf den Tōryō (Anführer) ausgerichtete Hierarchie. Dieser Tōryō war entweder ein entfernter Verwandter des Kaisers oder ein rangniedrigeres Mitglied einer der drei Adelsfamilien, der Fujiwara, der Minamoto oder der Taira. Obwohl die Tōryō ursprünglich nur auf vier Jahre befristet als Magistraten in die Provinzen entsandt worden waren, entschlossen sie sich zu bleiben, wohl wissend, dass sie nach ihrer Rückkehr nur Nebenrollen in der Regierung spielen würden. Ihre Söhne erbten ihre Positionen und führten von der Mitte bis zum Ende der Heian-Periode die regionalen Daimyō weiter beim Niederschlagen der Rebellionen in ganz Japan an.

Wegen ihrer militärischen und ökonomischen Stärke entwickelten sich die Daimyō zu einem neuen Machtfaktor in der Politik am Kaiserhof. Ihre Beteiligung an der Hōgen-Rebellion gegen Ende der Heian-Periode trug noch zur Konsolidierung ihrer Macht bei. Während der Heiji-Rebellion 1160 kam es zum Kampf der rivalisierenden Minamoto und Taira. Der siegreich aus der Rebellion hervorgegangene Taira no Kiyomori (1118–1181) wurde als erster Krieger, der eine solche Position erreichte, kaiserlicher Berater und übernahm schließlich die Kontrolle über die Regierung. Auf diese Weise bildete er die erste Samurai-dominierte Regierung und verwies den Kaiser auf eine ausschließlich zeremonielle Funktion.